Dossier

Analyse automatisée d'images d'hybridation in situ en fluorescence (FISH)

Mis en ligne le

29 mars 2019

Auteurs

C. Franchet
C. Laurent

L'hybridation in situ en fluorescence (FISH) est devenue une technique incontournable de la pathologie moderne. L'essor de la pathologie digitale et de la numérisation des lames histologiques permet d'envisager le traitement et l'analyse automatisée des images de FISH. Nous décrirons ici les étapes classiques de l'analyse automatisée d'images de FISH : segmentation nucléaire, segmentation des signaux d'hybridation, labellisation des objets puis classification. Nous verrons ensuite au travers de 2 types de FISH, utilisant des sondes de break-apart et d'amplification, quelle place pourrait prendre l'analyse automatisée des images de FISH dans notre pratique : de l'assistance au diagnostic à l'émergence de nouveaux biomarqueurs.

En une vingtaine d'années, l'hybridation in situ en fluorescence (FISH) a pris une place de plus en plus importante dans la démarche diagnostique en anatomopathologie. En pratique de routine, elle permet d'identifier des réarrangements chromosomiques ou des fusions de gènes et d'énumérer des chromosomes ou des copies de gènes à la recherche d'une anomalie du nombre de chromosomes ou d'une amplification génique, respectivement. Grâce à l'essor de la pathologie digitale ces dernières années, la numérisation de ces lames en fluorescence a permis d'augmenter le confort et la rapidité de lecture des…