Dossier

Détection des gènes de fusion en oncologie moléculaire : nouvelles technologies et enjeux théranostiques

Mis en ligne le

30 sept. 2019

Auteurs

S. Garinet
H. Blons

Les gènes de fusion sont des altérations moléculaires consécutives à des cassures et réarrangements chromosomiques. Les protéines chimériques résultantes sont des drivers oncogéniques bien caractérisés dans différentes localisations tumorales. L'identification d'un gène de fusion peut être, en fonction du contexte, soit un élément diagnostique, soit un marqueur prédictif de la réponse à une thérapeutique ciblée, aussi il apparaît important de les rechercher en routine clinique. Plusieurs technologies permettent de rechercher des variants de fusion, chacune ayant des avantages et des limites. Traditionnellement, des techniques de FISH (fluorescent in situ hybridization) ont été utilisées. Aujourd'hui, différentes approches basées sur le séquençage haut débit des ARN ont été développées, qui vont des panels NGS exhaustifs, qui permettent une cartographie moléculaire complète, aux panels ciblés, qui sont plus adaptés à ce jour aux contraintes de quantité et qualité des échantillons tissulaires disponibles dans le cadre du soin. Par ailleurs, l'accès à des séquenceurs à très haut débit permet d'envisager la recherche des gènes de fusion à partir de l'ADN extrait des tissus ou du plasma.

Grâce aux nombreux programmes d'analyse pangénomique, les anomalies moléculaires acquises par les tumeurs sont de mieux en mieux décrites, et leurs valeurs diagnostiques, pronostiques ou théranostiques ont été analysées. Un des enjeux des laboratoires d'oncologie moléculaire est le transfert de ces analyses exhaustives en analyses moléculaires ciblées compatibles avec la routine clinique. Il faut pour cela savoir détecter les anomalies d'intérêt, avec une quantité de matériel tumoral limitée après le diagnostic anatomopathologique (notamment dans le cas de petites biopsies) et partiellement…