Les analyses génomiques ont pris une place importante en oncologie et ont grandement évolué depuis les tests “compagnons” (KRAS, EGFR, BRAF…) dans des pathologies spécifiques (cancers du côlon, du poumon et mélanomes, respectivement), jusqu’à la réalisation de séquençages de larges panels de gènes (plus de 400 gènes), de l’exome, du génome ou du transcriptome tumoral, sur tissu ou sur biopsie liquide, au diagnostic mais aussi au cours du suivi ou à la progression. Au-delà des altérations génétiques (mutations, amplifications, fusions), des signatures génomiques plus globales (charge mutationnelle, signatures génomiques traduisant un déficit du système de réparation des mésappariements (MMR) ou du système de recombinaison homologue) sont désormais utilisées pour identifier les thérapeutiques potentielles.
Dans ce numéro de rentrée, nous avons voulu faire la part belle à ces avancées génomiques. F. Coulet et J. Lehmann-Che (page 98) vous expliquent tout sur les tests qui peuvent être réalisés pour identifier un déficit de recombinaison homologue, indiqués aujourd’hui dans les cancers de l’ovaire, mais qui ont vocation à devenir des biomarqueurs “pan-cancer”. Nous avons aussi souhaité vous donner quelques clés pour prendre la mesure des enjeux actuels des analyses de séquençage étendues. Un séquençage “large” identifie de nombreux variants au sein d’une tumeur. Il faut d’abord savoir “trier” ces variants, afin d’identifier ceux qui sont oncogéniques et qui pourront donc constituer des cibles potentielles (M. Alamé, page 104). Il faut ensuite savoir reconnaître ceux qui ne proviennent pas de la tumeur, mais des cellules hématopoïétiques, notamment lorsque l’analyse est réalisée à partir d’une biopsie liquide (J.B. Micol, page 116). Il faut avoir en tête que les variants identifiés dans une tumeur peuvent avoir une origine constitutionnelle, et savoir quand et vers qui se tourner dans ce cas pour la suite de la prise en charge (C. Tlemsani, page 110). Ce dossier sur les avancées en médecine “génomique” n’aurait pas été complet sans aborder l’utilisation de techniques de séquençage avancées pour suivre la maladie résiduelle, notamment en situation adjuvante, qui fait les beaux jours des congrès de cancérologie et ouvre des perspectives cliniques majeures, désescalade ou intensification, dans les stades localisés (M. Denis et P. Hofman, page 122).
À côté du dossier thématique, vous trouverez dans ce numéro de rentrée une mise au point très intéressante sur l’essai MOIO, qui vise à conserver le bénéfice clinique de l’immunothérapie en situation métastatique, tout en réduisant son coût et sa toxicité (G. Gravis, page 129), et la description d’une entité émergente, la néoplasie rénale papillaire à polarité inversée (M. Bani, page 132).
Derrière toutes ces avancées techniques et scientifiques, il est nécessaire que l’évaluation des actes de séquençage à haut débit conduite par la HAS permette d’aboutir rapidement à des indications claires et à un passage de ces tests génomiques à la nomenclature de la biologie, pour qu’il y ait une réelle équité d’accès à ces innovations et que l’analyse génomique puisse être au service de l’oncologie pour toutes et tous dans la “vraie vie”.
Très bonne lecture !■