Ce premier numéro de l'année, traditionnel numéro “best of” des meilleures publications de 2019 sélectionnées par le comité de rédaction de La Lettre de l'Infectiologue, ne va pas échapper à l'actualité débordante engendrée par les craintes de l'épidémie de COVID-19.
Nous avons réservé dans ce numéro “spécial biblio 2019” une place volontairement limitée à cette épidémie, tant l'actualité sur le sujet est galopante, en sélectionnant le premier article clinique, publié par une équipe chinoise à partir des 41 premiers cas de pneumonie observés dans la province de Wuhan. À la date de parution de ce numéro (mars 2020), le nombre de cas confirmés a considérablement augmenté dans le monde (plus de 110 000 cas) avec une mortalité globale de l'ordre de 3 %. Cette mortalité semble variable selon les pays, puisqu'en France, à ce jour, elle est inférieure à 2 %. Rappelons tout de même à titre de comparaison, que dans un pays comme la France où le vaccin antigrippal est disponible, le nombre de morts attribuables à la grippe était respectivement de 12 980 en 2017-2018 et 9 000, en 2018-2019. Actuellement, les mesures d'information, de dépistage, d'isolement et de prise en charge du COVID-19 sont mises en place pour limiter l'épidémie et les services de maladies infectieuses et de réanimation sont au premier rang de ce combat. L'objectif est d'avoir une courbe épidémique sans pic brutal, pour que les structures hospitalières puissent assurer la meilleure prise en charge possible des cas de COVID-19, mais soient également toujours en capacité de prendre en charge les autres pathologies nécessitant une hospitalisation. Cela ne sera possible qu'avec une articulation “médecine de ville-hôpital” performante.
Traditionnellement, ce numéro best of aborde plusieurs champs des maladies infectieuses. L'épidémiologie et le poids des infections à bactéries multirésistantes (BMR) restent plus que jamais un sujet d'actualité. Ainsi, l'étude de Cassini et al., sur la morbidité et la mortalité attribuables aux infections à BMR, a comme principal avantage de présenter des données exhaustives et standardisées, et les résultats sont édifiants.
L'impact global des BMR serait équivalent, si l'on en croit les auteurs, à la somme des impacts de la tuberculose, du VIH et de la grippe.
Dans le domaine de l'“infectiologie clinique”, soulignons que l'article de Gupta et al. permet désormais de mieux appréhender le moment opportun pour la chimioprophylaxie de la tuberculose chez la femme enceinte, à savoir le post-partum tardif (> 3 mois) plutôt qu'un traitement précoce.
Les durées d'antibiothérapie, en particulier par voie injectable, font l'objet d'évaluations, car elles reposent davantage sur des avis d'experts anciens que sur des études prospectives randomisées. Ainsi, après les endocardites, les infections ostéoarticulaires (IOA), qui requièrent une prise en charge souvent médicochirurgicale associée à une antibiothérapie de plusieurs semaines, rentrent dans ce champ d'investigation. L'étude de Li et al. porte sur 1 054 patients avec une IOA (dont 60 % sur matériel). À l'issue du suivi, le relais per os de l'antibiothérapie (quand il est possible) après les 7 premiers jours de traitement de l'IOA était non inférieur à un traitement i.v. d'au moins 6 semaines.
Gardons cependant à l'esprit les prérequis, à savoir l'optimisation chirurgicale et le choix des molécules bien absorbées avec une bonne diffusion osseuse.
Améliorer les techniques de diagnostic en infectiologie reste évidemment un challenge important à l'ère où émergent à la fois la résistance microbiologique mais également des agents infectieux difficiles à identifier par les techniques classiques.
La métagénomique, technique de séquençage haut débit (NGS), permet-elle d'améliorer le diagnostic des méningites et méningoencéphalites ?
Si l'on en croit les données de l'étude de Wilson et al., le NGS a permis d'identifier un pathogène chez 32 patients sur 214 atteints de méningite, encéphalite ou myélite sans diagnostic. Cette technique améliore incontestablement la performance diagnostique globale et a un impact direct sur la prise en charge des patients.
Dans le domaine des infections fongiques, soulignons l'intérêt de l'article de Marr et al. sur les cryptococcoses chez les patients VIH−. Cette étude prospective multicentrique souligne le rôle joué par les immunosuppresseurs chez des patients transplantés ou traités pour une pathologie auto-immune.
Le diagnostic des atteintes pulmonaires était tardif. Il faut souligner la faible sensibilité) du kit de PCR FilmArray® à partir du LCR, et utiliser les techniques conventionnelles chez des patients présentant une immunodépression non liée au VIH.
Dans le domaine du VIH, l'année 2019 a été marquée par l'observation de prises de poids sous anti-intégrase. Le rôle associé du TAF est également discuté. À ce jour, ni la physiopathologie ni l'évolution après une éventuelle modification de traitement ne sont connues.
D'autres publications sélectionnées, mais non citées dans cet éditorial par manque de place, méritent que vous vous y attardiez en parcourant ce numéro.
Bonne lecture !