Dossier

Apport de la métagénomique au diagnostic des encéphalites infectieuses : une observation exemplaire

Mis en ligne le

30 juin 2018

Auteurs

A. Paugam
F. Ariey

Le résutat d'une analyse par séquençage haut-débit (SHD) peut être obtenu en moins de 3 jours.
La métagénomique permet d'identifier de nouveaux agents infectieux (virus).
La métagénomique permet d'identifier des agents infectieux pour lesquels une PCR spécifique a été mise en défaut en raison de variations génomiques de souches d'origines différentes.
En cas d'épidémie locale, la comparaison du séquençage de la totalité des génomes des isolats est plus discriminante que le typage des isolats avec les techniques conventionnelles.
La collaboration internationale concourt à la constitution de banques communes qui permettront une détection plus précoce des phénomènes épidémiques à l'échelle mondiale (exemple du virus Zika).

Depuis une dizaine d'années, les nouvelles techniques de séquençage à haut débit (SHD) sont de plus en plus utilisées pour un diagnostic microbiologique au lit du malade. La métagénomique est une des utilisations du séquençage haut-débit qui a pour but l'analyse de l'ensemble des génomes contenus dans un même prélèvement (sérum, LCS, etc.). Elle permet ainsi d'identifier tous les ADN (virus, bactéries, champignons, parasites), ARN (virus) des microorganismes présents, sans hypothèse diagnostique préalable (Unbiased Pathogen Detection). Principalement mises en œuvre dans la détection des…