Mise au point

Actualités sur les variants du SARS-CoV-2

Mis en ligne le

31 déc. 2021

Auteurs

S. Fourati
P.E. Saint-Antonin
C. Rodriguez
J.M. Pawlotsky

Les mutations adaptatives du SARS-CoV-2 concernent principalement la protéine Spike, plus particulièrement les domaines de liaison au récepteur et la région N-terminale. Plusieurs de ces mutations ont été sélectionnées dans des lignages viraux indépendants ayant émergé dans des régions différentes du globe. Ce phénomène est appelé convergence évolutive.
Le variant delta est aujourd'hui dominant dans le monde. En France, ce variant représente plus de 99 % des variants circulants en octobre 2021. Certains sous-lignages, tels que AY.4.2, ainsi que d'autres variants, tels que les variants 21H (variant mu) ou 20D (C.1.2), font l'objet d'une surveillance particulière.
La circulation en continu du SARS-CoV-2 dans le monde, en particulier dans les pays où la vaccination n'est pas suffisamment étendue, fera inévitablement le lit de l'émergence de sous-lignages du variant delta et/ou de nouveaux variants.

Au cours des premiers mois de la pandémie de Covid-19, la variabilité génétique des souches du SARS-CoV-2 circulant dans le monde a été relativement limitée. Le seul événement génétique à avoir retenu l'attention des virologues fut la sélection de la substitution amino-acidique D614G sur la protéine Spike, survenue à la fin du mois de janvier 2020, qui semblait conférer une meilleure transmissibilité au variant correspondant, qui a remplacé en quelques mois la souche initiale identifiée à Wuhan. Cette relative stabilité génétique a été remise en question dès le début de l'automne 2020 avec…