Les mises au point présentées dans ce numéro spécial sur les outils de diagnostic rapides et innovants montrent la puissance des nouvelles technologies pour identifier des agents infectieux.
Le diagnostic en virologie repose depuis de nombreuses années sur des approches moléculaires. Les progrès technologiques récents permettent désormais de diagnostiquer en quelques minutes un virus comme le SARS-CoV-2, le virus respiratoire syncytial ou les virus influenza, voire un panel de virus respiratoires, entériques ou méningés en moins de 1 heure.
Les techniques de séquençage à haut débit (NGS) s'invitent aussi dans le diagnostic. Elles permettent de détecter des virus non identifiés par les techniques de PCR ciblées ou multiplex et de découvrir de nouveaux virus. Les différents articles de cette revue montrent la performance, mais aussi la complexité de ces approches. Bien que réservées encore à certains centres, les techniques de NGS pour le diagnostic microbiologique vont rapidement se développer.
Au-delà des aspects technologiques, l'interprétation des résultats nécessite une approche multidisciplinaire et mériterait d'être enrichie avec des données sur la réponse de l'hôte pour préciser l'imputabilité des agents détectés dans la symptomatologie observée.
Les données permettront aussi d'aller au-delà de la seule mise en évidence d'une étiologie infectieuse. Les résultats de séquençage décrivant le microbiote qui englobe les bactéries, les phages, les virus eucaryotes, les archées et les champignons pourront être utiles pour prédire des susceptibilités à des infections ou pour définir des facteurs pronostiques.
L'ère “OMIC” ouvre un nouveau champ dans l'analyse des maladies infectieuses. Elle devra s'associer à l'intelligence artificielle pour analyser la richesse et la complexité des données et des métadonnées, ainsi que pour transformer le diagnostic microbiologique en diagnostic infectieux.
La pandémie liée au SARS-CoV-2 a souligné la nécessité et les bénéfices de ces approches pour le diagnostic des patients symptomatiques, le dépistage de masse, le contrôle de la transmission et la surveillance des variants. Elles devront désormais accompagner la surveillance d'autres maladies infectieuses afin d'améliorer le diagnostic, les traitements et la prévention.
Des progrès restent encore à faire en matière de détection des virus dans l'environnement, en particulier dans l'air, afin de réduire les risques de transmission dans les établissements de soin ou les collectivités.
L'ensemble des techniques en expansion en microbiologie repose sur la détection du génome des agents infectieux ou de leurs transcrits. D'autres stratégies fondées sur des méthodes de microscopie, d'analyses spectrales couplées à l'intelligence artificielle, mais aussi sur l'analyse des composés organiques volatils (volatilome) devraient bientôt ouvrir de nouvelles possibilités.
Les nouvelles méthodes de diagnostic en microbiologie ont fait émerger le besoin de nouvelles compétences telles que la bio-informatique, les data sciences et l'intelligence artificielle. Elles devront désormais se traduire par le recrutement d'experts métiers dans les équipes de microbiologie. Les jeunes microbiologistes et infectiologues devront aussi être formés à ces nouveaux outils afin de maîtriser l'interprétation des données et pleinement les intégrer à la pratique clinique.