La fulgurante augmentation des travaux concernant l'implication des microbiotes dans la santé et la pathologie humaine est à la fois vertigineuse et rafraîchissante pour le psychiatre. Vertigineuse, car elle concerne des milliards de micro-organismes répartis dans tout le corps, notamment dans le tube digestif. Cette abondance de publications laisse accroire qu'il n'est pas de pathologies où le microbiote ne tienne quelque place, parfois centrale. Rafraîchissante est aussi la lecture de ces publications, tant elles suscitent l'étonnement et conduisent à une succession de changements de paradigmes, ouvrant, presque brutalement, de nouvelles et enthousiasmantes perspectives pour le soin de nos patients.
Écosystème de micro-organismes (bactéries, archéobactéries, champignons et virus), les microbiotes colonisent de nombreux tissus comme le tube digestif, les muqueuses, la peau, le poumon, et entretiennent avec leur hôte des rapports symbiotiques. De même que la latéralisation hémisphérique cérébrale semble avoir été à l'origine de l'augmentation des compétences chez l'homme et d'autres espèces animales, la symbiose de l'organisme mammifère humain avec d'autres écosystèmes lui aurait permis d'augmenter ses compétences et sa spécialisation.