Le microbiote intestinal est considéré de plus en plus comme un partenaire symbiotique contribuant au bon état de santé général de l'organisme. Des études récentes rapportent ses perturbations (dysbiose et paucibiose intestinales) dans des troubles psychiatriques majeurs (autisme, troubles anxiodépressifs, schizophrénie et troubles bipolaires). Celles-ci s'accompagnent notamment d'une augmentation de la perméabilité intestinale, parfois assortie d'une inflammation. Le nerf vague pourrait être un effecteur direct médiant l'influence du microbiote sur le cerveau. Les approches métagénomiques permettent d'appréhender la complexité de l'écosystème intestinal, particulièrement son impact sur le développement et le fonctionnement du système nerveux central de son hôte. Elles pourraient permettre le développement de thérapeutiques spécifiques ciblant le microbiote intestinal, comme les probiotiques, les prébiotiques et les approches nutritionnelles chez les patients souffrant de troubles mentaux. Ces traitements existent déjà dans certaines pathologies intestinales. Toutefois, en dépit de résultats prometteurs sur des modèles animaux de troubles anxieux et de stress chronique, l'efficacité, le type de souches, la quantité administrée et la durée restent à déterminer dans les troubles psychiatriques chez l'humain.
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