Le SARS-CoV-2 est un virus à ARN simple brin qui, comme tous les virus de la famille des coronavirus, mute assez fréquemment du fait de l’absence de système de réparation lors de sa réplication. Ces mutations peuvent toucher la protéine S, ce qui :

• modifie son affinité pour son récepteur ACE2, pouvant augmenter ses capacités d’entrée dans les cellules du virus (figure) ;
• modifie éventuellement son affinité pour les anticorps neutralisants.

Cette protéine S est aujourd’hui la cible des vaccins contre la Covid-19.

Les variants sont des lignées virales présentant 1 ou plusieurs mutations. Les capacités des différents pays à dépister les nouveaux variants sont très différentes : fortes pour l’Australie, l’Islande, l’Angleterre, le Danemark et la Chine. 

Les variants sont classés comme :

• variant préoccupant, ou VOC (“variant of concern”) : variant pour lequel a été démontré une augmentation de la transmissibilité ou un impact défavorable sur l’épidémiologie de la Covid-19 et/ou une augmentation de la gravité ou un changement de présentation clinique et/ou une diminution de l’efficacité des mesures de contrôle mises en place, dont les vaccins ;
• variant à suivre, ou VOI (“variant under investigation” ou “of interest”) : il est caractérisé par un changement phénotypique par rapport à un virus de référence et est responsable d’une transmission communautaire ou de multiples cas confirmés ou de clusters, ou détecté dans de multiples pays ;
• variant en cours d’évaluation, pour lequel on ne dispose pas d’élément virologique, épidémiologique ou clinique en faveur d’un impact en santé publique, malgré la présence de mutations.

Le tableau présente les 5 variants préoccupants à ce jour.

Il faut noter que ces variants préoccupants, bien qu’ils aient été isolés dans des régions très différentes, partagent souvent les mêmes mutations. Ceci montre qu’il existe une certaine convergence des mutations aboutissant à des lignées relativement proches sur le plan structurel.

La liste des variants à suivre ou en cours d’évaluation est longue.

Le risque d’émergence des variants est d’autant plus important que la réplication virale est intense et qu’il existe une immunodépression favorisant une réplication virale prolongée.

Il n’est donc pas étonnant que :

1. Des variants préoccupants aient été mis en évidence pour la première fois dans des pays comme l’Afrique du Sud, le Brésil, l’Inde ;
2. Le premier malade en Angleterre ait été un immunodéprimé ;
3. Qu’il n’y ait pas eu de variants préoccupants dans des pays qui ont bien contrôlé l’épidémie.