Mycoplasma pneumoniae est une petite bactérie non entourée de paroi bactérienne (pas de peptoglycane), ce qui explique pourquoi les ß-lactamines n’ont aucune activité. C’est probablement le plus petit micro-organisme pouvant se répliquer à l’extérieur des cellules : n’étant pas une bactérie intracellulaire, elle se développe à la surface des cellules (car elle besoin de nutriment cellulaire) avec un petit génome 7 fois moins important qu’un E. coli. Le paradoxe de cette espèce est qu’elle est portée avec la même fréquence chez des sujets sains et chez des sujets présentant des pathologies susceptibles de lui être attribuées. Il est généralement admis que les manifestations les plus fréquentes sont des infections respiratoires (hautes : 24 %, bronchites : 18 %, pneumonies : 8 %) et cutanéomuqueuses (23 %). 

Une équipe suisse a essayé, en utilisant différents marqueurs génétiques (résistance aux macrolides, multilocus sequence typing, multilocus variable-number tandem-repeat analysis, P1 subtyping), d’observer si les souches isolées de portage étaient différentes de celles présentes dans les pathologies. La réponse est claire : les profils génétiques des souches présentes dans les 2 cas sont identiques, et ce, quel que soit le syndrome. 

Les variations génétiques ne sont significatives qu’en fonction de la localisation et du temps. C’est probablement la réponse de l’hôte qui joue le rôle principal dans la pathogénicité de Mycoplasma pneumoniae.