Les effets indésirables des antibiotiques à court et à moyen terme sont bien connus : augmentation de la résistance aux antibiotiques, modifications des microbiotes favorisant les mycoses ou les infections secondaires (translocation, susceptibilité à différents pathogènes, effets indésirables digestifs, allergie, etc.).

Depuis quelques années, différentes études suggèrent qu’en plus de ceux-ci, d’autres effets délétères à long terme sont susceptibles de survenir lors de l’utilisation des antibiotiques chez l’enfant : augmentation des pathologies allergiques, digestives, obésité, etc.

Q. Duong et P. Zimmermann ont présenté une très complète méta-analyse, portant sur plusieurs centaines d’études, sur les effets indésirables à long terme.

Les maladies inflammatoires du tube digestif, la maladie cœliaque, les déficits de l’attention et le diabète de type 1 ne sont pas significativement associés à l’utilisation des antibiotiques, contrairement aux pathologies suivantes (tableau) :

Certes, pour chaque pathologie, l’odds ratio est relativement faible (entre 1,2 et 1,8), mais les intervalles de confiance sont étroits et cumulés. Une raison supplémentaire de ne pas prescrire inutilement des antibiotiques.