Le nombre de publications sur les microbiomes (digestifs, respiratoires, cutanés, génitaux, etc.) augmente de façon exponentielle. Le clinicien est souvent perturbé par la fréquence des associations de telle ou telle modification d’un microbiome (dysbiose) avec une pathologie donnée et le peu de conséquences cliniques que l’on peut en tirer. D’une façon générale, lorsqu’une association est observée, il est bien difficile d’en déterminer la chronologie (“l’œuf ou la poule ?”) ou de savoir si ces modifications ne sont pas simplement le reflet d’une autre condition favorisante, notamment génétique. Néanmoins, de plus en plus de données nouvelles sont disponibles et doivent nous amener à réfléchir sur nos méthodes diagnostiques et nos attitudes thérapeutiques.
• La première est certainement l’importance du microbiome viral ou “virome”, notamment respiratoire (Papadopoulos N. The respiratory virome in heath and asthma).
En effet, le microbiome n’est pas constitué uniquement de bactéries, mais il comprend aussi des virus. La découverte de ce virome est une donnée relativement récente, car les techniques pour le mettre en évidence n’étaient pas au point. Même chez le sujet sans aucune pathologie, du matériel génétique de très nombreux virus peut être mis en évidence. Ainsi, un nombre considérable de sujets sains sont porteurs de virus : certains sont simplement des phages colonisant les bactéries du microbiome bactérien, d’autres sont des virus humains dont le rôle pathogène n’est pas encore connu, d’autres enfin sont des virus considérés comme responsables d’infections humaines, comme les picornavirus, dont des rhinovirus (figure 1).
Ainsi, la mise en évidence, dans une PCR multiplex, d’un rhinovirus au moment d’un épisode d’infection respiratoire ne permet en aucun cas de dire que ces virus sont responsables des symptômes observés. Il en va de même pour bien d’autres virus et des mycoplasmes.
Néanmoins, des différences de composition du virome respiratoire sont observées dans différentes situations cliniques : ainsi, le virome respiratoire du sujet sain est très différent de celui d’un asthmatique sans symptôme, qui lui-même est très différent de celui d’un asthmatique en crise. Dans l’ensemble, le virome de l’asthmatique est moins stable que celui du sujet sain, moins riche en bactériophages, plus riche en anellovirus et en picornavirus.
• La deuxième avancée exposée dans ce congrès est l’importance des modifications du microbiome digestif du nouveau-né pour son avenir ultérieur (Brodin P. Breast feeding and immune system imprinting early in life).
Il faut bien s’imaginer que, jusqu’à sa naissance, un nouveau-né n’a été en contact qu’avec les antigènes de sa mère et quelques espèces bactériennes. Dès sa venue au monde, il est confronté à des milliards de bactéries et virus (figure 2).

• C’est une période critique pour l’établissement d’un mutualisme entre le système immunitaire et les différents micro-organismes constituant le microbiome. Ainsi, un certain nombre de facteurs comme la prématurité, l’allaitement maternel ou l’utilisation des antibiotiques jouent un rôle majeur dans l’avenir de l’enfant. Cette période est particulièrement critique pour le risque de maladie auto-immune ou auto-inflammatoire (figure 3). Les rapports notamment Escherichia et Bifidobacterium/Bacteroides paraissent particulièrement importants pour le risque ultérieur de ce type de maladie (figure 4).
• La consommation précoce d’antibiotiques augmente de façon évidente le risque de développer un certain nombre de maladies auto-immunes.