Même si la physiopathologie des maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI) fait encore l’objet de nombreuses études, il est admis qu’elle implique une interaction inadaptée entre le microbiote intestinal et le système immunitaire digestif. Un régime de type méditerranéen est associé à un risque plus faible d’inflammation intestinale.

L’alimentation bénéficie d’une attention croissante ces dernières années dans la prise en charge des MICI. Au-delà de l’utilisation de la nutrition entérale exclusive dans la maladie de Crohn pédiatrique, dont l’efficacité est maintenant bien démontrée, de nouvelles approches émergent. Parmi elles, des régimes d’exclusion spécifiques pourraient constituer les prochaines avancées majeures dans la prise en charge des MICI au cours des prochaines années. Le régime d'exclusion pour la maladie de Crohn se fonde sur l'exclusion des éléments du régime alimentaire occidental qui sont associés à l'inflammation et au changement de la flore intestinale. Il combine des aliments entiers et une nutrition entérale partielle en 2 phases, la première étant plus restrictive que la seconde afin d'induire une période de rémission.
Le régime d'exclusion pour la maladie de Crohn avec nutrition entérale partielle permet d’induire une période de rémission chez les enfants atteints de la maladie de Crohn.
La dysbiose intestinale (modification/déséquilibre du microbiome) peut précéder le début clinique des maladies inflammatoires chroniques du tube digestif. Ainsi, l’étude du microbiome intestinal permet de détecter des anomalies à un stade préclinique. Les anomalies retrouvées sont, notamment, une moindre variabilité des populations bactériennes.
Il est primordial de commencer précocement le traitement des maladies inflammatoires du tube digestif afin de réduire l’inflammation et les lésions tissulaires. Parmi les recommandations thérapeutiques, l’abord nutritionnel est primordial. Ce régime permet d’améliorer le statut nutritionnel, d’éviter des corticothérapies, des complications chirurgicales en cas de nécessité d’intervention.
La rémission induite par les thérapies nutritionnelles chez les patients atteints d’une MICI active est associée à une modification du microbiome, avec augmentation des Firmicutes et diminution des Proteobacteria. On observe un changement du métabotype, proche de celui des contrôles sains.

La place de ces mesures diététiques dans l’arsenal thérapeutique (corticothérapie, biothérapie, antibiothérapie) des MICI reste à préciser.